高校３年の春を目前にした主人公

草薙結衣は、ある日、自宅である神社の蔵の中から

彼女を呼ぶ声を聞く。導かれるまま蔵に足を踏み入れ

光を放つ剣を見つけた結衣。

剣にふれた瞬間、強い衝撃と共に結衣は

意識を失い――目覚めた先は、

神々により創られた「箱庭」だった！

箱庭に召喚された結衣は、

アポロンと名乗る青年に導かれた先で

箱庭が閉ざされた場所だと知る。驚き、呆然とする結衣。

そんな中、箱庭の創造主であるゼウスが現れる。


ゼウスは、アポロンを始め各神話の神々に

人の心を教えるため、彼らと共に学園生活を送るよう

結衣に命じた――！